宇宙科学研究所は、5つの研究系、科学推進部、専門技術研究組織で構成されています。大学共同利用システムの円滑な運営を行うため、宇宙科学研究所には宇宙科学運営協議会が置かれています。また機構には宇宙科学関連業務に関して理事長に助言し、宇宙科学研究所長の候補者を選考・推薦する宇宙科学評議員会が置かれています。

組織図（2013年4月1日現在）

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