宇宙科学研究所は相模原キャンパス（神奈川県相模原市）、あきる野地区（東京都あきる野市）、筑波宇宙センター（ISS科学プロジェクト室、月探査技術開発室）、能代ロケット実験場（秋田県能代市）に研究施設を持っています。その他、宇宙研のプロジェクトを遂行するために、全国に関連研究施設があります。